Jadis appelée police du commerce, la douane a existé bien avant la période coloniale. Les rois percevaient des recettes de poudre d’or et de sel. Dans l’ancien Soudan Français, pendant la période coloniale, un seul texte réglementait l’Administration des douanes.
Avec son accession à l’indépendance le jeudi 22 septembre 1960, le Mali ( ex Soudan Français ) a connu une reforme administrative. La Constitution du 23 janvier 1959 a été changée. Ainsi le Service des Douanes fut créé le 27 septembre 1960 par l'Ordonnance N° 16 PG-RM du 27 septembre 1960, à l’image de la Douane de l’Afrique Occidentale Française (AOF).
La Direction Nationale des Douanes, quant à elle, fut créée pour la première fois le 5 octobre 1960 par l'Ordonnance N°17 PG-RM du 5 octobre 1960 et pour la rendre opérationnelle le Code des Douanes fut adopté par Décret N° 09 PG-RM du 1er juillet 1963 promulgant de la loi N° 63-43 AN –RM du 31 mai 1963 instituant le Code des Douanes.
L’administration des douanes du Mali a connu trois mutations importantes :
1. Douane exclusivement protectionniste
Au lendemain de l’accession de notre pays à l’indépendance, la Douane avait pour devoir de sauvegarder les fondements de la stratégie de développement organisée essentiellement autour des entreprises et sociétés d’Etat. Elle était exclusivement protectionniste, donc un moyen de prohibition et de restriction à l’importation. Elle avait pour mission de protéger les jeunes industries naissantes tout en constituant un frein à l’importation.
2. Douane instrument de redressement des finances publiques
Le libéralisme économique de la deuxième République a engendré des reformes tant sur le plan organisationnel que structurel et de profonds changements dans la philosophie et dans la conception du tarif des douanes. L’assouplissement des procédures douanières et les facilités particulières dans l’octroi des régimes économiques matérialisent ce changement. A partir de 1990 des reformes et des changements sont intervenus dans l’organisation de l’Administration des Douanes. On assista à la création de la Direction Générale des Douanes par l’ordonnance N° 90-58/P-RM du 10 octobre 1990.
3. Une douane modernisée
Les reformes structurelles de 1990 ont entraîné de profonds changements dans l’organisation et le fonctionnement de l’Administration des Douanes. Au premier rang de ces reformes, les reformes organisationnelles sont les plus récentes. En 1995 de nouveaux textes organiques ont été adoptés dans le cadre du programme d’ajustement structurel. Ceci entraîna ainsi des changements aussi bien au niveau central que sub-régional.
Au niveau central, le nombre de Sous-Direction est passé de cinq à quatre.
Au niveau sub-régional, on assista à la création des Directions Régionales ainsi qu’à la suppression des subdivisions.
Dans le cadre de la modernisation, le Service des Douanes a bénéficié de la construction de nouveaux locaux pour les services centraux de la Direction Générale des Douanes à Bamako, pour la Sous-Direction des Enquêtes Douanières, et pour les bureaux principaux et les bureaux secondaires dans différentes localités du Mali. Par ailleurs, cette modernisation a permis l’extension de l’utilisation de l’outil informatique. La représentation du Service des Douanes à Dakar a été dotée d’un site informatique connecté sur internet. Les bureaux principaux de Kayes, Ségou, Koutiala, Sikasso, le bureau secondaire de Zégoua ainsi que le Bureau de Bamako-Fer ont bénéficié d’une informatisation complémentaire. Le Plan de Développement Informatique, qui venait de démarrer, a permis une informatisation intégrale de l’Administration des Douanes.
Au plan légal et réglementaire, on assista d’une part à la relecture du Code des Douanes et d’autre part à la reforme tarifaire.