La liste des bureaux spécialisés et leurs domaines de compétence sont fixés ainsi qu'il suit :

Bureau des Régimes Économiques : 

Ce bureau est exclusivement compétent pour connaitre des oprérations douanières rélatives aux régimes économiques à l'exclusion de celles réservées aux produits pétroliers et aux véhicules.

Bureau des Produits Pétroliers :

Ce bureau est exclusivement compétent pour connaitre des oprérations douanières rélatives  aux produits pétroliers quelque soit le régime assigné à ces produits.

Bureau des Exonérations douanières et des Maliens de l'Extérieur :

Ce bureau est exclusivement compétent pour connaitre des oprérations  rélatives aux exonérations douanières, y compris celles du Tourisme et du déménagement des Maliens de l'Extérieur à l'exception de celles relatives aux produits pétroliers et aux véhicules.

Bureau du Contrôle du Transit :

Ce bureau est exclusivement compétent pour la collecte et le traitement des informations sur le stock des marchandises dans les différents ports, le contrôle du mouvement des marchandises en transit sur les différents axes et le suivi de l'apurement des tritres de transit émis par les douanes étrangères et les bureaux de transit du Mali.

Bureau de Sadiola :

Ce bureau est ouvert à toutes les opérations relatives aux biens importés ou exportés dans le cadre du projet minier de Sadiola et Yatela.

Guichet Unique pour le dédouanement des véhicules :

Ce bureau est exclusivement compétent pour connaitre les opérations douanières relatives aux véhicules automobiles importés à destination de la région de Koulikoro et du District de Bamako. Ce bureau a également une compétence nationale pour les régimes économiques assignés aux véhicules.