Les Directions Régionales constituent des organes de coordination, de contrôle déconcentré de la Direction Générale des Douanes qu'elles representent. 

La liste des directions régionales est fixée ainsi qu'il suit :

- Direction Régionale de Kayes

- Direction Régionale de Koulikoro

- Direction Régionale de Sikasso

- Direction Régionale du District de Bamako

- Direction Régionale de Ségou

- Direction Régionale de Mopti

- Direction Régionale de Tombouctou

- Direction Régionale de Gao

- Direction Régionale de Kidal